نصت المادة 11 من القانون رقم 150 لسنة 2019، الخاص بهيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار، على أن تكون للهيئة موازنة مستقلة، يتم إعدادها وفقًا لقواعد إعداد موازنات الهيئات العامة الخدمية، وتبدأ السنة المالية لها مع بداية السنة المالية للدولة وتنتهى بانتهائها، ويكون للهيئة حساب خاص يفتح بالبنك المركزى المصرى ضمن حساب الخزانة الموحد تودع فيه مواردها، وتتولى الهيئة الصرف منه على أنشطتها المختلفة المحددة بهذا القانون ولائحته التنفيذية.
كما حددت المادة 12 من القانون، موارد هيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار بناء على الآتي: –
1 الاعتمادات المالية التى تخصصها لها الدولة في الموازنة العامة.
2 القروض والمنح التى تعقد لصالح الهيئة من خلال الأجهزة المعنية بالدولة في حدود أغراضها.
3 الهبات والتبرعات والإعانات التى يقبلها مجلس إدارة الهيئة في حدود أغراضها.
4 عائد استثمار أموال الهيئة بما يتفق وتحقيق أغراضها.
5 مقابل استغلال مخرجات المشروعات البحثية التى تمولها الهيئة.
6 مقابل الإدارة برامج تنفيذ المشروعات البحثية الممولة من جهات أخرى.