ألف ابن ماجه عدد من أهم الكتب فى تفسير القرأن وعلم الحديث، فقد كتب “تفسير القرآن عند ابن ماجه” والذى رأى علماء عصره أنه كان من أهم كتب التفسير، حتى وصفه ابن كثير “بالتفسير الشامل الحافل”، كما أرخ التاريخ الدعوة منذ عصر الخلفاء الراشدين حتى عصره فى كتابه عن التاريخ الإسلامي، وقد وصفه ابن كثير بأنه “تاريخ كامل لهذه الفترة”.
إلا أن المصير المجهول كان هو الغالب على أكثر كتب ابن ماجه التى فقدت، ولم يصل لنا منها فى عصرنا الحالى عدد كبير وسط غياب الأسباب الواضحة، وحتى الروايات التاريخية عن قصص ضياع هذه الكتب، مع ذلك فقد وصلنا من تراث ابن ماجه كتاب وحيد وهو “سنن ابن ماجه” ليكون هذا الكتاب هو الناجى الوحيد والدليل الملموس على سيرة وتراث العالم الجليل.
يعد كتاب “سنن ابن ماجه” واحداً من كتب الأحاديث النبوية الستة، وهو من أبرز وأهم ما ألفه ولقي الشهرة بسببه. وقد جاء مرتباً على أبواب، وبلغ نحو 4341 حديثا، يرى بعض العلماء أنه فيها ما هو غير صحيح أو ضعيف، وبعضها متشارك مع أحاديث تم إخراجها من قبل علماء الحديث الآخرين، لكنه انفرد عنهم بحوالي 1339حديثا.
وما يميز الكتاب أن ابن ماجه اعتنى به شرحاً وتعليقاً، وقد قام بعض العلماء بعمل شروح له ومنها: “كفاية الحاجة في شرح ابن ماجه” للسندي، و”مصباح الزجاجة على سنن ابن ماجه” للسيوطي، و”الكواكب الوهاجة بشرح سنن ابن ماجه” لمحمد المنتقي الكشناوي، وغيرها.
عدا عن كتابه الشهير “السنن”، فقد ألف ابن ماجه تفسيراً للقرآن الكريم وصفه ابن كثير في كتابه “البداية والنهاية” بأنه تفسير حافل، لكنه للأسف ضاع، كعديد من الكتب الأخرى التي ألفها.
كما ألف في التاريخ كتاباً أرَّخ فيه من عصر الصحابة حتى عصره، وقال عنه ابن كثير بأنه “تاريخ كامل”. وهو الآخر لم يبق وظل مفقوداً.