وفى هذا الصدد نستعرض المبادئ التوجيهية الخاصة بالوكالة في ضوء ما ورد بالمذكرة الإيضاحية:
1- القيادة كمؤسسة توفر التوجه الاستراتيجي وتشجع الممارسات الجيدة الخاصة بالصحة العامة في الدول الأطراف.
2- المصداقيه كمؤسسة قائمة على الأدلة وبناء الثقة مع المستفيدين وأصحاب المصلحة.
3- الملكية كمؤسسة مملوكة لأفريقيا ، فضلا عن الشفافية والمساءلة والقيمة المضافة للأنشطة التنظيمية للدول الأطراف والشركاء الآخرين الخاصة بالمنتجات الطبية.
4- السرية في جميع عملياتها ، بالإضافة إلى الإلتزام بالإدارة السليمة للجودة.