ذكر قانون حماية البيانات الشخصية الصادر برقم 151 لسنة 2020، أن مركز حماية البيانات الشخصية له موازنة خاصة تعد علي نمط موازنات الهيئات الاقتصادية طبقا للقواعد التي تحددها لائحة المركز وتتبع قواعد النظام المحاسبي الموحد.
ونصت المادة رقم 31 من قانون حماية البيانات الشخصية، أنه يكون للمركز موازنة خاصة تعد علي نمط موازنات الهيئات الاقتصادية طبقـًا للقواعد التي تحددها لائحة المركز وتتبع قواعد النظام المحاسبي الموحد، وذلك دون التقيد بالقواعد والنظم الحكومية، وتبدأ السنة المـالية للمركز مع بداية السنة المـالية للدولة وتنتهي بنهايتها، كما يكون للمركز حساب خاص لدي البنك المركزي تودع فيه موارده، ويجوز له إنشاء حساب باسمه لدي أحـــد البنـــوك التجـــارية بعد موافقــة وزير المـالية، ويرحل الفـــائض من موازنة المركز من سنة مالية إلي أخرى، ويتم الصرف من موارده وفقًا للائحته المـالية وذلك في المجالات التي يحددها مجلس إدارته ، وتتكون موارده من الآتي :
١ – ما يخصص له من موازنة هيئة تنمية صناعة تكنولوجيا المعلومات .
٢ – ما يخصص له من الخزانة العامة بما لا يقل عن ثلث حصيلة الغرامات المقضي بها تطبيقًا لأحكام هذا القانون .
٣ – مقابل الخدمات التي يقوم المركز بتقديمها .
٤ – قيمة رسوم ومقابل التراخيص والتصــاريح والاعتمادات التي يتم إصدارها وقيمة التصالحات التي يتم قبولها .
٥ – عائد استثمار أموال المركز .
٦ – ما يقبله مجلس الإدارة من المنح والتبرعات والهبات .