تضمن قانون حماية البحيرات الجديد، ضوابط بشأن حماية المياه من التلوث ومعوقات الصيد، وفيما يلى نستعرض هذه الضوابط وفقا لما وردت بنص التشريع.
ووفقا للقانون
مع عدم الإخلال بما ينص عليه أى قانون آخر، يحظر إلقاء أو تصريف المواد السامة أو المشعة أو الكيميائية أو البترولية أو زيوت ومخلفات ونفايات السفن أو فضلات المعامل أو المصانع أو مياه الصرف الصحى غير المعالجة فى مياه البحيرات والمياه الإقليمية، ويسرى هذا الحظر على أية مواد أخرى يكون من شأنها الإضرار بالثروة المائية أو الأحياء المائية أو نشاط الصيد.
يحظر إلقاء أو وضع أجسام صلبة أو غيرها مما يعوق عمليات الصيد فى المناطق المخصصة لذلك.
كما يحظر زراعة البوص أو النباتات الريزومية أو غيرها فى مناطق الصيد أو ردم أجزاء منها.
يحظر إدخال أى كائنات مائية أجنبية أو بويضاتها أو يرقاتها إلى البلاد لأي غرض من الأغراض إلا بترخيص من الجهاز.
وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط وشروط وإجراءات إصدار الترخيص.
يحظر صيد أو جمع أو نقل أو حيازة زريعة الأسماك والسلاحف البحرية والثدييات البحرية من البحر أو البحيرات، أو المسطحات المائية الأخرى أو العبث بأماكن وجودها وتكاثرها بحسب الأحوال على امتداد الشواطئ المصرية أو فى المياه البحرية إلا بتصريح من الجهاز.
وتحدد اللائحة التنفيذية ضوابط وشروط وإجراءات منح التصريح.