نشر فى عام 1517 رسالته الشهيرة المؤلفة من خمس وتسعين نقطة تتعلق أغلبها بلاهوت التحرير وسلطة البابا فى الحل من “العقاب الزمنى للخطيئة”، رفضه التراجع عن نقاطه الخمس والتسعين بناءً على طلب البابا ليون العاشر عام 1520 وطلب الإمبراطورية الرومانية المقدسة ممثلة بالإمبراطور شارل الخامس أدى به للنفى والحرم الكنسى وإدانته مع كتاباته بوصفها مهرطقة كنسيًا وخارجة عن القوانين المرعيّة فى الإمبراطورية.
ونجح مارتن لوثر فى التخفى وتأسيس الكنيسة اللوثرية الإصلاحية والتى انتشرت بمساعدة من بعض الأمراء الألمان.
تغيرت حياته بعد حادثة تعرض لها وتحول إلى راهب ففى 2 يوليو 1505، أثناء عودته إلى الجامعة على ظهور الخيل بعد رحلة إلى المنزل، وقعت صاعقة بالقرب من لوثر أثناء عاصفة رعدية، وأخبر والده لاحقًا أنه خائف من الموت والدينونة الإلهية، وكان يصرخ “ساعدنى! سأصبح راهبًا!”.
وترك الجامعة وباع كتبه ودخل دير القديس أغسطينوس فى إرفورت فى 17 يوليو 1505، وألقى أحد الأصدقاء باللوم فى القرار على حزن لوثر على وفاة صديقين، بدا لوثر نفسه حزينًا لهذه الخطوة، أولئك الذين حضروا عشاء الوداع ساروا به إلى باب قال: “هذا اليوم ترانى، وبعد ذلك، ليس مرة أخرى”، كان والده غاضبًا مما رآه مضيعة لتعليم لوثر.
كرس لوثر نفسه للرهبنة الأوغسطينية، وكرس نفسه للصوم، وساعات طويلة فى الصلاة، والحج، والاعتراف المتكرر، وصف لوثر هذه الفترة من حياته بأنها فترة يأس روحى عميق، قال: “فقدت الاتصال بالمسيح المخلص والمعزى، وجعلته السجان وجلاد روحى المسكينة”.
فى 3 أبريل 1507، قام جيروم شولتزأسقف براندنبورج، بترسيم لوثر فى كاتدرائية إرفورت، وفى عام 1508 أرسل فون ستوبيتز أول عميد لجامعة فيتنبرج المؤسسة حديثًا إلى لوثر لتدريس اللاهوت، حصل على درجة البكالوريوس فى الدراسات الكتابية فى 9 مارس 1508 ودرجة البكالوريوس الأخرى فى الجمل من قبل بيتر لومبارد فى عام 1509، فى 19 أكتوبر 1512، حصل على دكتوراه فى اللاهوت، وفى 21 أكتوبر 1512، تم قبوله فى مجلس الشيوخ للكلية اللاهوتية فى جامعة ويتنبرج، بعد أن خلف فون ستوبيتز كرئيس للاهوت، أمضى بقية حياته المهنية فى هذا المنصب بجامعة فيتنبرج.