تضمن قانون جهاز تنظيم المخلفات حزمة من العقوبات بشأن تداول المخلفات الخطرة دون الحصول على موافقة مسبقة ،بالإضافة لغرامة صارمة أيضا لاستيراد المخلفات الخطرة، وفيما يلى نستعرض هذه الضوابط.
ووفقا للقانون
يعاقب بالسجن وبغــرامة لا تقــل عن مائتي ألف جنيه ولا تزيد علي مليــون جنيــه كل من يخالف أحكام الفقرة الأولي من المـادة (55) من هذا القانون .
وفي جميع الأحوال ، تحكم المحكمة بمصادرة وسائل النقل والآلات والمعدات المستعملة في ارتكاب الجريمة ، ودون إخلال بحقوق الغير حسني النية ، وبإلزام المحكوم عليه بالتخلص منها بطريقة سليمة بيئيا علي نفقته الخاصة .
يعاقب بالسجن مدة لا تقل عن خمس سنوات ، وبغرامة لا تقل عن خمسمائة ألف جنيه ولا تزيد علي ثلاثة ملايين جنيه كل من خالف أحكام المـادة (62) من هذا القانون .
وتقضي المحكمة بإلزام المحكوم عليه بإعادة تصدير المواد أو المخلفات الخطرة محل الجريمة علي نفقته الخاصة خلال المدة التي تحددها .
وتنص المادة (55) :
يحظر تداول المواد والمخلفات الخطرة إلا بعد الحصول علي موافقــة الجهــاز بترخيص من الجهة الإدارية المختصة .
ويحظر علي المرخص لهم بتداول المواد أو المخلفات الخطرة التخلي عنها أو تسليمها إلا في الأماكن المخصصة لذلك أو للأشخاص المرخص لهم بذلك .
مادة (62) :
يحظر استيراد المخلفات الخطرة أو السماح بدخولها أو مرورها في أراضي جمهورية مصر العربية ، كما يحظر مرور السفن التي تحمل مواد أو مخلفات خطرة في البحر الإقليمي أو المنطقــة الاقتصادية الخــالصة لجمـهـــورية مصر العــربية أو السماح بمــرورها إلا بترخيص من وزارة النقل أو هيئة قناة السويس ، بحسب الأحوال ، وبعد موافقة الجهاز علي النحو المبين بهذا القانون .