وفقًا للأسطورة، يوجد في قاعدة الكنيسة قبر القديس بطرس، أحد تلاميذ الأول المسيح الاثني عشر، ويقول التقليد الكاثوليكي أن بطرس الرسول، بعد خدمة لمدة أربعة وثلاثين عامًا، سافر إلى روما واستشهد هناك مع بولس في 13 أكتوبر 64م في عهد الإمبراطور الروماني نيرون.
كان إعدامه أحد الاستشهادات العديدة للمسيحيين في أعقاب حريق روما العظيم، وبحسب أوريجانوس، صُلب بطرس رأسًا لأسفل بناءً على طلبه لأنه اعتبر نفسه غير مستحق للموت مثل يسوع، حدث الصلب بالقرب من مسلة مصرية قديمة في سيرك نيرون، وتقف المسلة الآن في ساحة القديس بطرس وهي تحظى بالتبجيل باعتبارها “شاهدًا” على موت بطرس. إنها واحدة من عدة مسلات قديمة في روما.
وفقًا للتقاليد، تم دفن رفات بطرس خارج السيرك مباشرةً، في مونس الفاتيكان عبر طريق كورنيليا من السيرك، على بعد أقل من 150 مترًا (490 قدمًا) من مكان وفاته، وكان طريق فيا كورنيليا عبارة عن طريق يمتد من الشرق إلى الغرب على طول الجدار الشمالي للسيرك على أرض مغطاة الآن بالأجزاء الجنوبية من الكنيسة وميدان القديس بطرس، تم بناء ضريح في هذا الموقع بعد بضع سنوات، بعد ما يقرب من ثلاثمائة عام، تم بناء كاتدرائية القديس بطرس القديمة فوق هذا الموقع.
تقول الأسطورة أنه في الكاتدرائية الأولى في St. بيتر عشية عيد الميلاد 800، توج البابا ليو الثالث تشارلز الأول العظيم، وأثناء أسر أفينيون، عندما لم يكن مقر إقامة الباباوات في روما، ولكن في أفينيون، سقطت كاتدرائية القديس بطرس في حالة سيئة، وفي بداية القرن السادس عشر تم هدمها. في أبريل 1506 ، وضع البابا يوليوس الثاني مكانها حجر الأساس للكاتدرائية. في عام 1626 ، كرس البابا أوربان الثامن معبدًا جديدًا.