يعمل قانون الجمارك على المساهمة في تحقيق التوجهات الاستراتيجية فى رؤية مصر 2030، تحسين موقع مصر على مؤشرات القياس الدولية فى مجالات تيسير التجارة الدولية وتشجيع الاستثمار وممارسة الأعمال، بالإضافة لتشجيع المشروعات الاقتصادية الوطنية وتيسير التجارة الدولية، وقامت الحكومة بميكنة وتطوير المنظومة الجمركية وربط الموانئ المصرية جميعها بمنظومة واحدة لتتحول لنافذة واحدة على أن تكون ممر لعبور البضائع وليست مخازن.
ويجيز التشريع، لصاحب الشأن التظلم من تحديد صنف البضاعة أو منشئها أو قيمتها، ولكن يشترط لإجراء التظلم أو التحكيم وفقًا للمادتين (63، 64) من هذا القانون أن تكون البضاعة ما زالت تحت رقابة المصلحة إلا في الأحوال وطبقــًا للشروط والأوضاع التي تحددها اللائحة التنفيذية لهذا القانون.
ووفقا لنص القانون، تشكل بالمصلحة لجان لنظر التظلمـات يصدر بها قرار من الوزير أو من يفوضه، برئاسة أحد العاملين بالمصلحة بدرجة مدير عام على الأقل، وعضوية اثنين من موظفي المصلحة، ويجوز حضور صاحب الشأن أو من يمثله أمام اللجنة، وتفصل اللجنة في التظلم خلال سبعة أيام عمل من تاريخ تقديمه بقرار مسبب.
فإذا قبل صاحب الشأن قرار اللجنة خلال سبعة أيام من إخطاره به حرر محضر بذلك والتزمت المصلحة بتنفيذه.
وتحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون قواعد وإجراءات عمل هذه اللجان.
مع مراعاة أحكام قانون التحكيم في المواد المدنية والتجارية الصادر بالقانون رقم 27 لسنة 1994، إذا استمر النزاع بين المصلحة وصاحب الشأن، وطلب الأخير أو من يمثله إحالة النزاع إلى التحكيم ووافق الوزير أو من يفوضه، يحال النزاع إلى هيئة تحكيم تشكل برئاسة أحد أعضاء الجهات أو الهيئات القضائية بدرجة مستشار على الأقل أو أحد الأساتذة من كليات الحقوق المقيدين في جدول التحكيم بوزارة العدل، وعضوية محكم عن المصلحة يختاره الوزير أو من يفوضه، ومحكم يختاره صاحب الشأن.