وقد تعرض لعمليه اغتيال وهو فى منفاه بتركيا، حيث بعد خروج الخديوى عباس حلمى الثانى، من مصر ذهب إلى فرنسا وعاش لفترة متنكرا قبل أن يغادرها متوجها إلى تركيا وفي 25 يوليو 1914، بينما كان خارج من الباب العالي، قام شاب مصري يدعى محمود مظهر بإطلاق الرصاص عليه.
وحكى الخديوى السابق تفاصيل الحادث فى مذكراته، قائلا: “شعرت بانقباض فى الصدر قبلها، وعندما رأيت الشاب يصوب المسدس إلي تمكنت من الإمساك بيده الممسكة بالمسدس ودفعته بعيدًا في الوقت الذي لم يتحرك فيه الحرس إلا متاخرًا وأصابني بعض الرصاص ولكن في مناطق غير مميتة”.
وتابع: “وتناثرت الدماء على ملابسى وكيس نقودى ولكنها لم تصل إلى المصحف الذى كنت أحمله وهذا من لطف الله وحتى لو وصلت إليه لما مس هذا من قداسته وقد تسبب هذا الحادث في تأخير عودته لمصر وخاصة إن في هذا الوقت”.
وكان قبل خروج الخديوى من مصر قد نشبت فيه الحرب العالمية الأولى، ولم يعد السفر عبر البحار مأمونًا وطلب السفير الإنجليزي في تركيا من الخديوي العودة إلى مصر، إلا إنه تردد فطلب منه أن يرحل إلى إيطاليا حتى تسمح الظروف بالعودة إلا إنه رفض وكانت الحرب حتى ذلك الوقت بين إنجلترا وألمانيا.
توفي الخديوي عباس حلمي الثاني في منفاه في سويسرا، في التاسع عشر من ديسمبر سنة 1944، أثناء حكم الملك فاروق الأول لمصر ومن الصدف أن تاريخ وفـاة الخديوى عباس حلمي الثاني، يوافق نفس تاريخ خلعه عن حكم مصر، ولكن بعد 30 عاما ونظرا لظروف الحرب العالمية الثانية التى واجهت فيها دول المحور مع قوات الحلفاء وذلك وقت وفاة الخديوي عباس حلمي الثاني وعاد جثمانه إلى مصر في 26 أكتوبر 1945 وتم دفنه في تربة أفندينا وهي مقابر أسرة الخديوي توفيق بالقاهرة.