تضمن قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية حزمة من الإجراءات والضوابط لحماية البحيرات من التعديات، حيث حظر القانون تجفيف أو ردم أى مساحات من البحيرات أو بواغيزها أو البرك الخاضعة لإشراف الجهاز، والتى يصدر بتحديدها قرار من رئيس الجمهورية، إلا للأغراض القومية، إضافة إلى حظر حيازة أو استعمال أية آلات أو معدات أو أدوات رفع المياه داخل البحيرات أو بواغيزها أو على شواطئها أو الأراضى المملوكة للأفراد التى تغطيها المياه وتكون متصلة بالمياه المصرية إلا بترخيص من الجهاز، وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص .
ويحظر أيضا بغير ترخيص من الجهاز إنشاء الجزر أو الجسور أو السدود بالبحيرات وبواغيزها وشواطئها أو تحويط أية مساحة مائية منها إلا للغرضين الآتيين:
(أ) حماية الأراضى الزراعية والعقارات من طغيان مياه البحيرات .
(ب) إنشاء مزارع للأسماك .
ويحظر بغير ترخيص من الجهاز استغلال جزر البحيرات وبواغيزها ومراحاتها فى رعى الماشية وصيد الطيور .
وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص، ويحظر التعدى بأى شكل من الأشكال على جميع الأراضى الخاضعة لإشراف الجهاز، ويحظر استغلال أو إقامة أية منشآت أو إجراء أية أعمال أو ممارسة أية أنشطة على الأراضى الواقعة داخل حرم البحيرات وبواغيزها إلا بترخيص من الجهاز، وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص .