تحفل المكتبة القبطية بمئات العناوين اللامعة، لكن ثمّة كُتب مُؤسِّسة بمثابة المراجع الأصيلة فى توثيق تاريخ الكنيسة، والاقتراب لتقاليد الآباء، ومُعاينة حصيلة ما يقارب عشرين قرنا من المسيرة الأرثوذكسية الباذخة، أشهر تلك المراجع كتاب ساويرس بن المقفع، وكان فى عصره واحدا من المنظرين للاهوت المسيحى، حتى وصل إلى مكانة كبرى فى القرن العاشر الميلادى، على زمن العصر الإخشيدى.
السنكسار
يُعد أحد أهم الكتب المؤسسة والمرجعية لدى الأقباط، و«السِّنْكِسار» لفظة يونانية تعنى الجامع لأخبار الأنبياء والرسل والشهداء والقديسين، وهو نص حاضر بقوة فى كنائس الكرازة المرقسية، ويحوى أخبار وسِيَر القديسين مُرتبة حسب الشهور المصرية، ويُقرأ السنكسار فى الكنائس أثناء القداس، قبل قراءة الإنجيل كل يوم وبعد فصل الإبركسيس.
مصباح العقل
تاريخ بطاركة كنيسة الإسكندرية القبطية، وسجل فيه الأنبا ساويرس سير البطاركة من القديس مرقس كاروز الديار المصرية إلى البابا شنودة الأول البطريرك 55 بالقرن التاسع، ثم جاء بعده الأنبا ميخائيل أسقف تنيس وسجل سير البطاركة من البطريرك 56 خائيل الأول، إلى البابا شنودة الثانى البطريرك 65 بالقرن الحادى عشر، ثم جاء موهوب بن منصور بن مفرج الإسكندرى وسجل سيرة البابا خرستوذولس البطريرك 66.
ابن المقفع
ساويرس بن المقفع أسقف قبطى وُلد عام 915 توفى 978 من الميلاد، وكان أسقف الأشمونين «هرموبوليس» بالصعيد، وهو بلا منازع أكبر عالم دين ولاهوتى مسيحى فى القرن العاشر الميلادى، ومما اشتهر بها مجادلاته مع أئمة المسلمين فى عصره.
يُعرف عنه غزارة إنتاجه وكثرة علمه، ويظهر فى أعماله أسقفًا غيورًا يحرص على تثقيف أبناء الكنيسة، وكان الدافع لكثرة مؤلفاته هو جهل الأقباط فى عصره بأكثر أمور الدين، ما يرجع لعدم معرفتهم باللغة القبطية.
الدر الثمين
يتألف من 15 بابًا، واسمه الكامل «كتاب الدر الثمين فى إيضاح الاعتقاد فى الدين بما نطقت به أفواه النبيين والرسل الأطهار المؤيدين والآباء المعلمين والبطاركة المغبوطين على تجسد رب المجد وصعوده وإرساله الباراقليط»، وكما يظهر من التسمية فإنه يعتمد على الكتاب المقدس وآباء الكنيسة كمصادر أساسية، وبه 1161 اقتباسا من الكتاب المقدس، و191 على الأقل من آباء الكنيسة، فضلا على اقتباسات من كتبٍ نُسِبت للآباء بالخطأ.
ديونيسيوس
الرد على أبى البشراسمه الكامل «الرد على أبى بشر بن جارود» وهو كتاب مفقود، إذ لم يتبق منه سوى ما ضمّنه ابن العسال فى كتاب مجموع أصول الدين، حول سؤال أبى البشر «لماذا يُسمّى المسيحيون الخالق جوهرًا؟».