وقد تأسس المتحف المصرى بعد فك رموز حجر رشيد على يد العالم الفرنسى شامبليون، وكانت النواة الأولى للمتحف بيت صغير عند بركة الأزبكية القديمة، حيث أمر محمد على باشا بتسجيل الآثار المصرية الثابتة ونقل الآثار القيمة إلى متحف الأزبكية وذلك عام 1835، وأسند إدارتهما إلى يوسف ضياء أفندى، بإشراف رفاعة الطهطاوى.
وبعد وفاة محمد على عادت سرقة الآثار مرة أخرى وسار خلفاؤه على نهج الإهداء فتضاءلت مقتنيات المتحف، وفى عام 1858م، تم تعيين “مارييت” كأول مأمور لاشغال العاديات أى ما يقابل حالياً رئيس مصلحة الآثار، وجد أنه لابد من وجود إدارة ومتحف للآثار، ولذلك قام باختيار منطقة بولاق لإنشاء متحف للآثار المصرية ونقل إليها الآثار التى عثر عليها أثناء حفائره “مثل آثار مقبرة إعح حتب”.
وفى عام 1863م أقر الخديوى إسماعيل مشروع إنشاء متحف للآثار المصرية لكن لم ينفذ المشروع، وإنما اكتفى بإعطاء مارييت مكانا أمام دار الإنتيكخانة فى بولاق ليوسع متحفه، لكن فى عام 1878م حدث ارتفاع شديد فى فيضان النيل ما سبب إغراق متحف بولاق وضياع بعض محتوياته، وأعيد افتتاح المتحف فى عام 1881م، وفى نفس العام توفى مارييت وخلفه “ماسبيرو” كمدير للآثار وللمتحف.