تعد مصر أول دولة عربية وإسلامية تقيم علاقات دبلوماسية مع بوروندى عقب حصولها على استقلالها عام 1962، وبعدها بعامين قامت مصر بإنشاء سفارتها تحديداً فى 8 ديسمبر 1964، وقد ساندت الدولة المصرية بوروندي خلال فترة الحرب الأهلية التى استمرت أكثر من 12 عاماً، وفي فبراير 1999 تم توقيع مبادرة حوض النيل في تنزانيا بين دول حوض النيل العشرومن بينها دولتي مصر وبوروندي، بهدف تدعيم أواصر التعاون الإقليمي بين هذه الدول، وفقا لتقرير صادر عن لجنة العلاقات الخارجية بمجلس النواب، بشأن قرار رئيس جمهورية مصر العربية رقم 633 لسنة 2021 بشأن الموافقة على الاتفاق بين حكومة جمهورية مصر العربية وحكومة جمهورية بوروندى بشأن الإعفاء المتبادل من تأشيرات الدخول لحاملي جوازات السفر الدبلوماسية والخاصة ولمهمة.
وقال تقرير لجنة العلاقات الخارجية: وتعزيزًا لعلاقات مصرالإفريقية، تم التأكيد على الأهمية التاريخية والاستراتيجية لتلك العلاقات، واعتزاز مصر بانتمائها الإفريقي، حيث تقدر بوروندى الدور التاريخى لمصر فى إفريقيا، ويمتدح الجانب البوروندى دائما استمرارية الدعم المصرى له وعدم توقفه، كما أن استمرارية العلاقات المصرية – البوروندية لا تستند إلى جانب واحد سياسي أو اقتصادى فقط ولكن مصر وبورندى مثال يحتذي به على كافة الجوانب فهناك زيارات دبلوماسية متبادلة بين البلدين، كما أن هناك دائماً تأكيداً من الجانب البوروندى على الحاجة لتقوية أواصرالتعاون، وتعظيم الاستفادة من الخبرات المصرية في مختلف المجالات”.
وأشار التقرير إلى أن أهم الأهداف من الأتفاقية تتمثل في توثيق العلاقات الثنائية بين حكومة جمهورية مصر العربية وحكومة جمهورية بوروندى وتعزيز علاقات الصداقة والتعاون بينهما، وتيسير حركة المسئولين الحكوميين لدى الدولتين، وذلك من خلال السماح لمواطنى الطرفين حاملى جوازات السفر الدبلوماسية أو الخاصة أو لمهمة، السارية بالدخول أو الخروج أو المرور بأراضى الطرف الآخر – من خلال نقاط العبور المفتوحة قانوناً لحركة المرور الدولية – دون الحصول على تأشيرة دخول، فضلاً عن منحهم إقامة لفترة تصل إلى 90 يوماً من تاريخ الدخول.