ووفقا للقانون
يُحظر تجفيف أو ردم أى مساحات من البحيرات أو بواغيزها أو البرك الخاضعة لإشراف الجهاز ، والتى يصدر بتحديدها قرار من رئيس الجمهورية ، إلا للأغراض القومية.
يحظر حيازة أو استعمال أية آلات أو معدات أو أدوات رفع المياه داخل البحيرات أو بواغيزها أو على شواطئها أو الأراضى المملوكة للأفراد التى تغطيها المياه وتكون متصلة بالمياه المصرية إلا بترخيص من الجهاز.
وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص.
يحظر بغير ترخيص من الجهاز إنشاء الجزر أو الجسور أو السدود بالبحيرات وبواغيزها وشواطئها أو تحويط أية مساحة مائية منها إلا للغرضين الآتيين :
حماية الأراضى الزراعية والعقارات من طغيان مياه البحيرات.
إنشاء مزارع للأسماك.
ويحظر بغير ترخيص من الجهاز استغلال جزر البحيرات وبواغيزها ومراحاتها فى رعى الماشية وصيد الطيور.
وتحدد اللائحة التنفيذية شروط وإجراءات إصدار الترخيص.