حددت المادة 11 من قانون إنشاء الهيئة المصرية لضمان الجودة والاعتماد في التعليم الفني والتقني والتدريب المهنى تشكيل مجلس إدارة الهيئة، حيث نصت على أن يكون للهيئة مجلس إدارة يتكون من تسعة أعضاء ممن لهم خبرة في مجال التعليم الفني والتقني والتدريب المهني والقطاعات الاقتصادية المختلفة والخدمات وتقويم الأداء وضمان الجودة، على أن يكون من بينهم:
نائبان لرئيس مجلس الإدارة أحدهما لشئون التعليم الفني والآخر للتدريب المهني، ويحل أحدهما محل الرئيس عند غيابه.
ثلاثة أعضاء من القطاع الخاص لا تتعارض مصالح أي منهم مع أهداف الهيئة.
وتكون مدة عضوية مجلس الإدارة أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة.
ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة وتحديد المعاملة المالية لرئيسه وأعضائه ونظام عمله قرار من رئيس مجلس الوزراء، على أن يحدد القرار من يتولى رئاسة المجلس من بين أعضائه ومن يحل من النائبين محل الرئيس حال غيابه.
وللمجلس أن يدعو إلى حضور اجتماعاته من يري الاستعانة بهم من ذوي الخبرة في مجال عمل الهيئة دون أن يكون لهم صوت معدود.
ويتولى رئيس مجلس الإدارة تمثيل الهيئة أمام القضاء وفي صلتها بالغير.