تستهدف المرحلة الثانية من المشروع القومي لتطوير القرى 1381 قرية، في 22 محافظة هي: أسيوط وسوهاج والمنيا وقنا وأسوان والأقصر والوادي الجديد والفيوم وبني سويف والشرقية والقليوبية والدقهلية والمنوفية والغربية والإسكندرية والإسماعيلية ودمياط وكفر الشيخ والجيزة والبحيرة، بما يعكس اهتمام الدولة بتنفيذ خطط التنمية المحلية، ورعاية الفئات الأكثر احتياجًا، وتقديم المساعدات اللازمة لهم للارتقاء بالمستوى الاقتصادي والاجتماعي والبيئي للأسر في القرى الفقيرة، وتمكينها من الحصول على جميع الخدمات الأساسية.
وكشفت دراسة للمركز المصرى للفكر والدراسة ان تلك المرحلة تهدف الي النهوض بمستوى معيشة المواطنين وتخفيف معدلات الفقر وتطوير البنية التحتية والخدمات الأساسية المقدمة إليهم، لا سيما في عدد من المجالات كالتعليم والمدارس والإسكان والكهرباء والصرف الصحي ومياه الشرب والغاز الطبيعي، وتدوير المخلفات وإقامة المناطق الصناعية لتعزيز المشروعات المتوسطة والصغيرة، وتطوير الوحدات الصحية، ورفع كفاءة شبكة الري من ترع ومصارف، والتنمية الزراعية والخدمات البيطرية وإنشاء سلسلة مراكز تجميع الألبان المتطورة. وتتضمن كذلك إنشاء عدد من المشروعات الخدمية الحكومية بالتعاون مع منظمات المجتمع المدني، فضلًا عن توسيع شبكات الأمان الاجتماعي للمساهمة في خفض نسبة الفقر من خلال مساعدة الفئات الأكثر احتياجًا، وبما يدعم مفهوم الحماية الاجتماعية الشاملة.
ويساهم المشروع في توفير فرص العمل لأبناء الصعيد، وخفض معدلات الفقر والبطالة، وتحقيق جودة الحياة للمواطنين من حيث السكن والترفيه، وتقليل ظاهرة النزوح إلى المحافظات الحضرية، وتحقيق عنصر اللامركزية وخلق خريطة تكاملية بين المحافظات، وجعل الريف المصري جاذبًا للاستثمارات كإقامة مستودعات تخرين وتعبئة وتغليف المنتجات الزراعية بما يؤدي إلى خفض تكلفتها، حيث يتم حاليًا نقلها إلى المستودعات خارج القرى وإعادة توزيعها مرةً أخرى على المحافظات، ما يتسبب في ارتفاع أسعارها.