ذكر قانون البحيرات والثروة السمكية الصادر برقم 146 لسنة 2021، أن جهاز حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية له مدير تنفيذى متفرغ لإدارته ويكون له نائب أو أكثر، ويصدر بتعيينه ونوابه وتحديد معاملاتهم المالية قرار من رئيس مجلس الوزراء لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة .
ووفقا للقانون، يتولى المدير التنفيذى تصريف أمور الجهاز وتنفيذ السياسات والقرارات الصادرة من مجلس الإدارة، ويمثل المدير التنفيذى الجهاز فى مواجهة الغير وأمام القضاء، وتحدد اللائحة التنفيذية الاختصاصات الأخرى ونظام عمل المدير التنفيذى للجهاز .
كما نصت المادة رقم 7 من القانون على أنه تكون للجهاز موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية وتشتمل على جميع إيراداته ومصروفاته دون استثناء ، وتبدأ السنة المالية للجهاز مع السنة المالية للدولة وتنتهى بنهايتها، ويفتح له حساب بالبنك المركزى المصرى ضمن حساب الخزانة الموحد ، ويتم ترحيل الفائض من عام إلى آخر .