نص قانون مواجهة الأوبئة والجوائح الصحية في مادته الثانية على تشكيل لجنة عليا تسمى “اللجنة العليا لإدارة أزمة الأوبئة والجوائح الصحية برئاسة رئيس مجلس الوزراء، وعضوية الوزراء المختصين بشئون الصحة والسكان، والعدل، والدفاع، والداخلية، والتنمية المحلية، والسياحة، والمالية، والتموين والتجارة الداخلية، والتربية والتعليم والتعليم الفني، والتعليم العالى والبحث العلمي، والتضامن الاجتماعي، ورئيس هيئة الدواء المصرية، ورئيس الهيئة المصرية للشراء الموحد والإمداد والتموين الطبي وإدارة التكنولوجيا الطبية، ولرئيس اللجنة أن يضم من يراه إلى عضويتها، كما يكون للجنة حق الاستعانة بمن تراه من الخبراء و المختصين، ويحدد رئيس مجلس الوزراء نظام عمل اللجنة.
وحددت المادة 3 اختصاصات اللجنة فى إصدار القرارات واتخاذ الإجراءات اللازمة لتنفيذ أي من التدابير الواردة بقرار رئيس مجلس الوزراء المشار إليه في المادة 1 من هذا القانون، وذلك في ضوء ما تسفر عنه المتابعة للحالة الصحية وتقييمها لحالة تفشي الأوبئة أو الجوائح، وتنشر هذه القرارات في الجريدة الرسمية.
كما تختص بإعداد تقارير دورية عن الحالة الصحية وحالة التفشي مرفقا بها توصيات للعرض على مجلس الوزراء، على أن ترفق هذه التقارير ضمن مشروع القرار المعروض على مجلس النواب إعمالا لنص المادة 1 من هذا القانون، كما تختص اللجنة بما يسند إليها من أعمال من رئيس الجمهورية أو من مجلس الوزراء.