ذكر قانون المخلفات الصادر برقم 202 لسنة 2020، أن مجلس إدارة المخلفات يجب أن يضم أمانة فنية على أن يصدر بتشكيلها وتحديد اختصاصاتها ونظام عملها قرار من الرئيس التنفيذى للجهاز، ويتولى رئاستها أحد العاملين من شاغلى وظائف الإدارة العليا بالجهاز.
ونصت المادة رقم 10 من القانون على أن يكون لمجلس الإدارة أمانة فنية، يصدر بتشكيلها وتحديد اختصاصاتها ونظام عملها قرار من الرئيس التنفيذى للجهاز .
ويتولى رئاسة الأمانة الفنية أحد العاملين من شاغلى وظائف الإدارة العليا بالجهاز يختاره الرئيس التنفيذى للجهاز، ويحضر رئيس الأمانة الفنية اجتماعات مجلس الإدارة دون أن يكون له حق التصويت.
ووفقا للقانون يكون لجهاز المخلفات موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية، وتبدأ السنة المـالية للجهاز مع بداية السنة المـالية للدولة وتنتهي بنهايتها، وتودع جميع حسابات الجهاز في حساب الخزانة العامة الموحد في البنك المركزي المصرى، ويرحل الفائض المحقق سنويًا من موارده الذاتية من سنة مالية إلى أخرى.