تضمن قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر، عقوبات ضد عدد من المخالفات لأحكام القانون، حيث تنص المادة 92 من القانون على أنه يجوز بقرار مسبب من الجهاز أو من يفوضه من الأشخاص الاعتبارية العامة وقف الترخيص المؤقت فى أى من الحالات الآتية:
1- حصول المشروع على الترخيص المؤقت بناء على مستندات غير صحيحة.
2 – مخالفة المشروع لشروط الترخيص المؤقت أو البرنامج الزمنى لتوفيق الأوضاع بغير مبرر مقبول لدى الجهاز.
3- ارتكاب المشروع مخالفة تسببت فى ضرر جسيم، أو كان من شأنها ترتيب خطر جسيم على الأمن أو الصحة أو السلامة أو البيئة.
وفى حالة عدم إزالة المخالفة خلال المدة التى يحددها الجهاز، يصدر الجهاز قراراً بإلغاء الترخيص المؤقت.
ويعاقب قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر فى المادة 106منه بغرامة لا تقل عن خمسة آلاف جنيه ولا تجاوز خمسين ألف جنيه كل من زاول نشاطاً بالمخالفة لقرار إلغاء الترخيص المؤقت طبقاً للبندين (1، 2) من المادة (92) من هذا القانون.
ويعاقب بالحبس مدة لا تجاوز ستة أشهر وبغرامة لا تقل عن خمسة آلاف جنيه ولا تجاوز خمسين ألف جنيه أو بإحدى هاتين العقوبتين، كل من زاول نشاطاً بالمخالفة لقرار إلغاء الترخيص المؤقت طبقاً للبند (3) من المادة (92) من هذا القانون.