قال عنه الإمامُ الذهبى فى “سير أعلام النبلاء” (6/256): ابن الشهيد أبى عبد الله ريحانة النبى – صلى الله عليه وسلم – وسبطه ومحبوبه الحسين بن أمير المؤمنين أَبى الحسن على بن أبى طالب عبد مناف بن شيبةَ، وهو عبد المطلب بن هاشم، واسمه: عمرو بن عبد مناف بن قصى.
يتشابه منهج الإمام جعفر ومنهج علماء أهل السنة فى أمور أساسية، فهو يعتمد بالتدريج على القرآن والسنَة النبوية والإجماع ثم الاجتهاد، لكنه يضيف إلى ذلك أمرًا أساسيًا عند الشيعة، هو الاعتقاد بالإمامة وما يترتب عليه من تقييم للصحابة وفتاواهم وأحاديثهم واجتهاداتهم بحسب مواقفهم من آل البيت.
يُقال إنه من أوائل الرواد فى علم الكيمياء حيث تتلمذ على يديه أبو الكيمياء جابر بن حيان، كذلك فقد كان عالم فلك، ومتكلمًا، وأديبًا، وفيلسوفًا، وطبيبًا، وفيزيائيًا، كان للإمام جعفر الصادق كثير من المناظرات مع العلماء وغيرهم فى الدين والعلوم الإنسانية المختلفة، وقد اتبع منهجًا منطقيًا تسلسليًا فى المناظرة والنقاش وهو أسلوب علمى يُبرز مكانته العلمية وقدرته على استحضار جميع جوانب الموضوع وحضور البديهة فى الرد، وكان من الطبيعى أن يتعرض شخص بهذا المستوى الكبير من الفهم والعلم والمكانة لأسئلة المستفسرين وإنكار الملحدين ومكابرة كثير من الفئات المتأثرة بالعلوم المستقدمة.