أعفى قانون إنشاء هيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار، الهيئة من أداء الرسوم الجمركية والضرائب بما فيها الضريبية على القيمة المضافة وذلك على الأدوات والأجهزة والمواد المستوردة اللازمة للمشروعات البحثية، بشرط أن تقدم الهيئة إقرارًا يفيد بأن هذه السلع لازمة لتنفيذ مشروعاتها البحثية.
ويكون الإعفاء بالاتفاق بين الوزير المختص بالبحث العلمى ووزير المالية، على أن يبدى وزير المالية رأيه خلال ثلاثين يومًا من تاريخ إرسال الأوراق إليه، ويعتبر مضى هذه المدة دون رد منه في حكم الموافقة.
وتستحق الضرائب والرسوم على السلع المعفاة إذا تم التصرف فيها للغير خلال خمس سنوات من تاريخ الإعفاء.
تعفى مكافآت أعضاء الفرق البحثية للمشروعات التى تمول من منح خارجية من جميع أنواع الضرائب والرسوم.
ووفقا للقانون، تنشأ هيئة عامة تسمى “هيئة تمويل العلوم والتكنولوجيا والابتكار”، تكون لها الشخصية الاعتبارية، وتتبع الوزير المختص بالبحث العلمى، ويكون مقرها الرئيس محافظة القاهرة، ويجوز لها إنشاء فروع أخرى داخل جمهورية مصر العربية بقرار من مجلس إدارتها.
وتهدف الهيئة إلى دعم البحث العلمى والتكنولوجيا والابتكار وتمويله وتحفيزه، والربط بين البحث العلمى وتنمية المجتمع، وذلك من خلال الأولويات التى تحددها الدولة للبحث العلمى.